การกระทำหลายอย่างของเจ้าพระยาวิชาเยนทร์ (คอนสแตนติน ฟอลคอน) สร้างความไม่พอใจให้กับเสนาบดีกลาโหม (พระเพทราชา) และหลวงสรศักดิ์เป็นอันมาก เนื่องจากเจ้าพระยาวิชาเยนทร์พยายามจะโน้มน้าวสมเด็จพระนารายณ์ให้เปลี่ยนไปนับถือศาสนาคริสต์ อีกทั้งคริสเตียนชาวกรีกผู้นี้ได้กระทำการหมิ่นน้ำใจชาวพุทธหลายครั้ง เช่น จัดการสึกภิกษุสามเณรให้ลาสิกขาออกมารับราชการโดยไม่สมัครใจ เป็นต้น สมเด็จพระนารายณ์ก็ทรงโอนอ่อนตามเจ้าพระยาวิชาเยนทร์ในหลายเรื่อง ทำให้พุทธศาสนิกชนอย่างเสนาบดีกลาโหมและหลวง สรศักดิ์รู้สึกโกรธเคืองในตัวชาวกรีกผู้นี้ยิ่งนัก
อีกทั้งมีความระแวงว่าเจ้าพระยาวิชาเยนทร์จะนำทหารฝรั่งเศสเข้ายึดกรุงศรีอยุธยา ตอนนั้นสมเด็จพระนารายณ์มหาราช ทรงเห็นว่าพระเพทราชาเป็นผู้ใหญ่ จึงมอบหมายให้ว่าราชการแทน ระหว่างนั้นพระเพทราชาลวงพระอนุชาทั้งสองพระองค์ของสมเด็จพระนารายณ์ คือเจ้าฟ้าน้อยและเจ้าฟ้าอภัยทศว่ามีรับสั่งให้เข้าเฝ้า เมื่อทั้งสองพระองค์เสด็จถึงเมืองลพบุรีก็ถูกหลวงสรศักดิ์จับไปสำเร็จโทษที่วัดทราก
ส่วนพระปีย์พระราชโอรสบุญธรรมถูกผลักตกจากชาลาพระที่นั่งสุทธาสวรรค์แล้วกุมตัวไปสำเร็จโทษ เมื่อวันที่ ๑๘ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๒๓๑ และได้สั่งให้เจ้าพระยาวิชเยนทร์ (คอนสแตนติน ฟอลคอน) เข้ามาพบ เมื่อเจ้าพระยาวิชเยนทร์มาถึงศาลาลูกขุนก็ถูกกุมตัวไปประหารชีวิต เมื่อวันที่ ๕ มิถุนายน พ.ศ. ๒๒๓๑
เมื่อจัดการบ้านเมืองสงบแล้วจึงเชิญพระบรมศพสมเด็จพระนารายณ์มาประดิษฐานที่พระที่นั่งสุริยาศน์อมรินทร์ แล้วทำพระราชพิธีปราบดาภิเษก ณ พระที่นั่งสรรเพชญปราสาท
เมื่อสมเด็จพระนารายณ์สวรรคต เสนาบดีกลาโหมจึงปราบดาภิเษกขึ้นเป็นสมเด็จพระเพทราชา ครองราชสมบัติสืบต่อจากสมเด็จพระนารายณ์ นับเป็นกษัตริย์องค์ที่ ๒๙ แห่งกรุงศรีอยุธยา (นับรัชกาลขุนวรวงษาธิราช) ส่วนหลวงสรศักดิ์ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นสมเด็จลูกยาเธอกรมพระราชวังบวร และก็ได้ขับไล่กำลังทหารฝรั่งเศสออกไปจากกรุงศรีอยุธยา แต่ยังทรงอนุญาตให้บาทหลวง และพ่อค้าชาวฝรั่งเศสอาศัยอยู่ในกรุงศรีอยุธยาต่อไปได้ ได้มีการทำสนธิสัญญากับฝรั่งเศส เรื่องการขนย้ายทหาร และทรัพย์สินของฝรั่งเศสออกจากป้อมที่บางกอก
โดยฝ่ายอาณาจักรอยุธยาเป็นผู้จัดเรือ กับต้องส่งคืนทรัพย์สิน ที่เป็นของกรุงศรีอยุธยาคืนทั้งหมด สำหรับข้าราชการและราษฎรไทย ที่ยังอยู่ในประเทศฝรั่งเศส ทางฝรั่งเศสจะเป็นผู้ออกค่าใช้จ่ายในการเดินทางกลับกรุงศรีอยุธยา ผลการปฏิบัติดังกล่าวทำให้ความสัมพันธ์ระหว่างกรุงศรีอยุธยากับฝรั่งเศส สิ้นสุดลงตั้งแต่นั้นมา
cr:โบราณนานมา
สำนักข่าววิหคนิวส์